安全性一直集成在HP-UX中，HP-UX lli包括完全的“可信任”(trusted)模式。从HP-UXlliv2开始，安全特性得到很大扩充，增加了基于内核的入侵检测、强随机数生成、堆栈缓冲溢出保护（stack buffer overflow）、安全分区、基于角色的访问控制(role-based access control)、访问控制白名单，以及各种基于开放源代码的安全工具。

HP-UX系统分区（虚拟化）技术包括了基于硬件分区、软件分区、虚拟机和操作系统虚拟分区等各种技术。在Integrity系列服务器上，HP-UX虚拟机HP VM可以运行多种操作系统，包括HP-UX、Linux、Windows、OpenVMS，还可以以兼容方式直接运行HP9000二进制代码。HP VM支持在线迁移，并且可在迁移中对VM中的内容进行加密。

HP-UX的版本也随着时间的迁移，发生了不小的变化。在HP-UX 12.11版之前，惠普采用主版本号加小版本号的方式标示HP-UX版本，比如9版本中按照发布先后顺序，有9.01、9.03、9.05等。从HP-UX 12.11开始，HP改用版本号lli加上v和代表版本号的数字来标示，其中字母i用于代表其具备互联网功能，因此产生了HP-UX llivl、HP-UX lliv2、HP-UX lliv3等版本。当前版本为HP-UX lliv3，是在2012年3月更新的(HP-UX lliv3 update 10)。